書名 |
生命科学データベース・ウェブツール ―図解と動画でわかる!研究がはかどる定番18選 |
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筆頭著者 |
坊農秀雅・他監(大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)特任准教授) |
その他著者等 |
小野浩雅 |
出版社名 |
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ISBNコード |
ISBN978-4-8157-0143-7 |
発行年 |
2018年11月 |
判型 / 頁数 |
AB判 / 168頁 |
分類 |
基礎医学系/生命科学 |
価格 |
定価3,080円(本体2,800円 税10%) |
生命科学の研究者にとって、いまやマストなスキルとなったデータベースやウェブツール。ラボで役に立つ定番18ツールの使い方を徹底的にわかりやすく解説。インターネットの動画サイト「統合TV」の編集部による責任編集。パソコンの操作手順をわかりやすく図解。さらに、動画でも確認できるように、「統合TV」の動画サイトリンクを表示。研究を始めて間もない学部生・院生はもちろん、中堅・ベテラン研究職にも、「こんな使い方があったんだ」と力強い味方に。
Part 1 生命科学系研究室の新人が絶対に知っておくべき5 つのツール
1章 PubMed で論文を効率的に検索する
PubMed とPMC の使い方
2章 PowerPoint で欲しいイラストを描く
遠沈管を描こう─基本操作を学ぶ
マイクロチューブを描こう─応用編
3-D 書式で描こう
3章 Google のサービスを活用する
Gmail の使い方
Googleドライブで共同作業を進めよう
Google Site で研究会のウェブサイトを作ろう
4章 BLAST で遺伝子の配列類似性検索をする
NCBI BLAST の基本的な使い方
5章 PCR プライマーを設計する- Primer3Plus とPrimer-BLAST
Primer3 で自分の実験条件に合ったプライマーを設計する
PrimerBlast でイントロン境界などの条件を設定する
Part 2 「 仮説・実験・解析・出版」の研究サイクルを加速させる便利なツール
6 章 ImageJ で画像ファイルを操作する
ImageJ のソフトウェアを自分のパソコンにインストールする
ゲル写真を加工してみよう
バンド強度を半定量してグラフにしよう
7 章 ゲノムブラウザを使って遺伝子を知る─ UCSC Genome Browser など
UCSC ゲノムブラウザで目的の遺伝子に関する情報を得る
UCSC BLAT で目的の遺伝子の配列をゲノム中から検索する
8 章 英語表現や略語をすばやく検索する─ inMeXes とAllie
inMeXes で文献に頻出する英語表現や関連語をチェックしよう
Allie を使って略語の正式名称を検索する
9 章 最新知見を日本語で知る・読む・学ぶ─新着論文レビューと領域融合レビュー
新着論文レビューで新着論文の解説記事を閲覧する
領域融合レビューで総説を閲覧する
Part 3 生命科学系データ解析の現場で,押さえておきたい「鉄板」ツール
10 章 MEGAで系統樹を作成する
MEGA で配列のアラインメントや系統解析を行う
DoMosaics を使ってドメイン構造と系統樹を可視化する
MAFFT・RAxML・FigTree を組み合わせて分子系統解析を行う
11 章 RefEx とChip-Atlas で公共の遺伝子発現データを快適に検索する
RefEx を使って正常組織での遺伝子発現を調べよう
ChIP-Atlas で,自分の遺伝子リストを制御する転写因子は何かを検索しよう
12 章 Metascapeでエンリッチメント解析をして自分の持つ遺伝子リストを解釈する
Metascape でヒト,マウス,ラットのエンリッチメント解析を行う
Part 4 ビッグデータ時代の疾患ゲノム解析で使いこなしたいデータベース
13 章 TCGAで各がん種の公開データのダウンロードや解析を行う
変異や遺伝子名で検索してみよう
いろいろなデータをダウンロードしてみよう
14 章 COSMIC でがん遺伝子の体細胞変異を調べる
COSMIC の基本的な使い方を知ろう
COSMIC-3D で立体構造を見てみよう
15 章 GWAS Catalog で形質とバリアントの関連について検索する
GWAS Catalog を疾患名で検索してみる
SNP を染色体上に配置して見ることができる
16 章 ClinVar で疾患に関連するバリアントを検索する
疾患名から臨床的に重要なバリアントにたどりつこう
17 章 gnomAD でヒトのエキソームやゲノムのデータから変異を探す
バリアント(変異)の臨床的意義や集団中の頻度を調べる
18 章 GTEx Portal でヒトの各組織での遺伝子発現量や影響するeQTL を調べる
遺伝子に影響するeQTL を調べよう
付録 動画作製の舞台裏
付録1 統合TV の動画はどのように作られているか
付録2 統合TV の静止画はどのように作られているか
付録3 講演・講習会の収録とYouTubeLive 配信のノウハウ
