1．基本的二次構造 　
　ヘリクス-ターン-ヘリクス，ヘリクス-ループ-ヘリクス，ヘリクス-ヘアピン-ヘリクス 田中直毅・他
2．遺伝子発現
［転写および関連事象］ 　
　クロモドメイン・クロモシャドウドメイン 杉本憲治
　ETSドメイン 嶋田　透
　HMGドメイン 内川昌則
　MADSボックス 土本　卓
　POUドメイン 由良　敬・他
　Relホロモジードメイン 多留偉功・他
　ウイングドヘリックスドメイン 三浦直行
　ホルモン結合ドメイン 柳澤　純・他
　リボヌクレアーゼ様ドメイン 白井　剛・他
　ジンクフィンガードメイン 由良　敬・他
　リングフィンガーモチーフ 黒田俊一・他
［翻訳および細胞内局在］ 　
　DEAD/Hボックス 藤田道也
　RSドメイン 萩原正敏
　GTP結合モチーフ 遠藤　誠・他
　Jドメイン 杉山　崇・他
　Ran結合ドメイン 西本毅治
　NPC結合ドメイン 米田悦啓
　FGリピートモチーフ 米田悦啓
　糖鎖認識ドメイン（C型レクチンドメイン） 入村達郎
　キネシンモータードメイン 伊藤三恵・他
　SNAREモチーフ 中西　守・他
　C末端システインモチーフ 清水一也・他
　ヌクレオチド結合モチーフA 森　博幸
3．信号伝達 　
　APEモチーフ 杉山　崇・他
　RhoGEF/Db1ホモロジー（DH）ドメイン，プレキストリンホモロジー（PH）ドメイン，RasGEFドメイン 藤田道也
　PIP3結合ドメイン 福井泰久
　SH4ドメイン 小杉　厚・他
　FHAドメイン 米田悦啓
　チャネルドメイン 杉山　崇・他
　ホスホチロシン結合ドメイン 勅使川原匡・他
　プロテインチロシンホスファターゼ 辻川和丈
　SH2ドメイン・SH3ドメイン 稲垣冬彦
　SH3ドメイン結合モチーフ 松下正人・他
　EFハンドモチーフ 中村彰男・他
　カルモジュリン結合モチーフ（ドメイン） 矢澤道生
　カルモジュリン様ドメイン 矢澤道生
　ITAモチーフ 佐々木義輝
4．細胞接着 　
　EGF様ドメイン 黒田俊一・他
　RGD細胞接着モチーフ 西内涼子・他
5．細胞外基質 　
　フィブロネクチン III 型モジュール 西内涼子・他
　ヘパリン結合ドメイン 廣崎智巳・他
　ラミニンGドメイン 坪田芳明・他
　コラーゲンらせんドメイン 水野一乗・他
6．細胞骨格 　
　アクチン結合ドメイン 木村彰方
　FERMドメイン 山川　央・他
　ゲルゾリンドメイン・モチーフ 野々村禎昭
　チューブリン結合モチーフ，微小管結合（リピート）ドメイン 徳楽清孝
　フォドリン/スペクトリン結合ドメイン 高永博実・他
7．タンパク間相互作用 　
　LIMドメイン 平良眞規
　PDZドメイン 富田　進・他
　アンキリンリピート 丸山　裕・他
8．代謝 　
　DELSEEDモチーフ 原　清敬・他
　ヘム結合ドメイン 青野重利
　Zn結合モチーフ 久野耕嗣
　KFERQモチーフ 上野　隆
　HECTドメイン 菊池淑子
　BPTI/KUNITZインヒビタードメイン 藤田道也
9．その他 　
　アネキシンリピート 相馬　仁
　BRCTドメイン 尾崎俊文・他
　DEATHドメイン 山条秀樹・他
　DEATHエフェクタードメイン 藤田道也