＜はじめに＞
　小腸診断学の進歩と腸内細菌研究の進歩が病態解明の進歩につながっている！
【総論】
　腸内細菌研究の基礎分野における近年の進歩―腸内細菌の解析方法，代謝
　腸内細菌と疾病とのかかわり―臨床からみた近年の進歩
　腸内細菌と腸管免疫系―近年の進歩
　炎症性腸疾患におけるプロバイオティクス・プレバイオティクス療法―最近の進歩
【トピックス】
　虫垂リンパ組織による大腸指向性IgA産生細胞誘導と大腸の恒常性維持
　ヒト腸内菌叢の形成と年齢による変化
　腸管内真菌と気管支喘息
【各論】
　腸内細菌と炎症性腸疾患
　過敏性腸症候群の腸内細菌
　腸内細菌と肝癌
　腸内細菌叢と大腸発癌
　小腸内細菌異常増殖（SIBO）
　腸内細菌と慢性肝疾患
　腸内細菌異常と腸管感染症（偽膜性腸炎など）
　Bacterial translocation―肝手術後のピットフォール
　腸内細菌と小腸粘膜障害,　Leaky Gut症候群
　腸内細菌と循環器疾患―腸から動脈硬化は予防できるのか
　腸内細菌と肥満―腸内細菌代謝産物と宿主エネルギー制御
　自閉症スペクトラム障害と腸内ミクロビオータの変化―腸内ミクロビオータを標的とした新治療戦略への道
　腸内細菌と食物アレルギー―食物依存性運動誘発アナフィラキシー
　腸内細菌と婦人科疾患―細菌性腟症や流・早産との関連