１．総論
　タンパク質間相互作用に関与するデータベースの構築（木下賢吾）
　計算科学によるタンパク質間相互作用解析（竹田-志鷹真由子・他）
　タンパク質間相互作用推定および評価のためのコンピュータシステムMIAXの応用（Carlos A. Del Carpio・他）
２．分子進化
　タンパク質間相互作用がタンパク質分子の進化に与える影響（牧野能士・他）
３．構造・機能
　ドメイン間相互作用による酵素活性の制御（五十嵐城太郎・他）
　大きなタンパク分子間の相互作用（小原　收）
　タンパク質間相互作用におけるアシル化の役割（谷口寿章）
４．方法・技術
　新しいバイオセンサーによるタンパク質間相互作用の時間分解検出（寺嶋正秀）
　抗体可変領域のタンパク質間相互作用を利用した高感度な低分子分析（上田宏）
　タンパク質間相互作用強度の計算機による予測法（林田守広・他）
５．遺伝情報の発現
　タンパク質間相互作用と転写制御（宮本薫）
　核内受容体と熱ショックタンパクの相互作用（加藤茂明・他）
　高親和性IgE受容体遺伝子の発現制御におけるタンパク質間相互作用（高橋恭子・他）
　タンパク質間相互作用ネットワーク情報による転写機構の解明（榊原康文・他）
　生体ネットワークにおけるタンパク質間相互作用の研究法（Md.Altaf-Ul-Amin・他）
６．酵素
　ミオシンATPase活性におけるドメイン間相互作用（山本啓一）
７．シグナル伝達
　IL-5/IL-5R系シグナル伝達におけるタンパク質間相互作用（紅露拓・他）
　極性発現に必要なPB1ドメイン間の相互作用（稲垣　冬彦）
　タンパク質間相互作用を介するWntシグナルの制御機構（菊池章）
８．チャネル
　心筋Caチャネルと細胞内タンパク質間の相互作用（當瀬規嗣・他）
９．トランスポーター
　膜トランスポーターとタンパク質間相互作用（杉浦智子・他）
10．核
　相同組換えにおけるRad51パラログのタンパク質間相互作用（川端昌弘）
　ヒトテロメラーゼの細胞内局在と複合体形成（フルツ シラガルディ・他）
　損傷DNAの修復におけるDNAポリメラーゼηとRAD18の相互作用（立石智）
11．細胞接着
　クローディンに関わるタンパク質間相互作用（森脇一将・他）
　インテグリンを中心としたタンパク質間相互作用（佐藤(西内)涼子・他）
　カドヘリン-カテニン複合体形成の分子機構（永渕昭良）
　ビンキュリン活性化を取り巻くタンパク質間相互作用（木岡紀幸）
　ネクチンに関わるタンパク質間相互作用（力武良行・他）
12．細胞骨格
　ヒトMYO18Aタンパク質とアクチンフィラメントの結合（井上毅・他）
　トロポニン構成タンパク質の相互作用（前田雄一郎）
　ジストロフィン複合体におけるタンパク質間相互作用（吉田幹晴）
　ネブリンと結合タンパク質による骨格筋の制御（高野和儀・他）
　コフィリンを中心としたタンパク質間相互作用（栗田宗一・他）
　プレクチンを中心としたタンパク質間相互作用（土方貴雄）
　ERM(Ezrin/Radixin/Moesin)タンパク質におけるタンパク質間相互作用（田村淳・他）
13．細胞内タンパク輸送
　シナプスにおける機能的変形とPMES-2・アクチン相互作用（田口隆久）
　FGF-1のCa2＋結合性運搬タンパク群との相互作用による非古典的遊離（植田弘師・他）
14．細胞分化
　細胞分化におけるタンパク質間相互作用と制御因子（飯島信司・他）
　転写因子による血液細胞の分化の制御とタンパク質間相互作用（松村到・他）
　網膜視細胞分化におけるDNA結合ドメインのタンパク質間相互作用（佐貫理佳子・他）
　細胞の分化増殖制御におけるIdタンパク質のはたらき（横田義史）
15．生体時計
　生体時計に関与する転写因子の機能制御とタンパク質間相互作用（河本健・他）
16．神経系
　スパイン形成過程におけるタンパク質間相互作用（高橋秀人・他）
　Necdinの核マトリックスターゲティングと抗増殖作用に
　　関与するタンパク質間相互作用（谷浦秀夫）　
　神経線維ランビエ絞輪部近傍の軸索構築関するタンパク質間相互作用（寺田信生・他）
　シナプスでの情報伝達と可塑性に関与するタンパク質間相互作用（千村崇彦）
　ニューロンにおけるカドヘリンスーパーファミリーの相互作用（平林敬浩・他）
17．アポトーシス
　細胞死と免疫制御に関係するタンパクASCのPYRIN
　　ドメインとタンパク質間相互作用（相良淳二）
　癌選択的に発現しアポトーシスシグナル伝達分子と相互作用する分子TUCAN-54の役割（上口権二郎・他）
18．内分泌
　アンドロゲン受容体とコリプレッサーの相互作用（河手久弥・他）
19．産業
　タンパク質間相互作用をターゲットとした新薬開発の戦略（古閑比佐志）